A mezoterápia ellenjavallatai közé tartozik a testtömeg-index, amely meghaladja a 30-at, ismert túlérzékenység bármelyik komponenssel szemben, 18 évesnél fiatalabbak, terhesség, szoptatás, antikoagulánsokkal kezelt betegek. Szív gyógyszerekkel (például amiodaronnal, hidralazinnal, kalcium blokkolókkal, béta blokkolókkal), betegségek, például inzulinfüggő cukorbetegség, máj- és vesebetegségek, AIDS, görcsrohamok és lupus kezelésében szenvedő betegek.
Az orvostudományban vagy az egészségügyben minden új technikát/terápiát vagy gyógyszert (a problémától függően) elfogadnak, ha hatékonyabb vagy biztonságosabb, vagy előnyösebben mindkettő, és nem utolsósorban, hogy költséghatékony. A mezoterápia lényege, hogy nincsenek szigorú tudományos vizsgálatok, amelyek összehasonlíthatnák a szokásos terápia meglévő módjait egy adott állapotban. A mezoterápia hatékonyságáról, hatásmechanizmusairól és hosszú távú következményeiről azonban a mai napig nincs hiány.
A rendelkezésre álló tudományos bizonyítékok alacsony vagy akár érvénytelen érvényességgel bírnak. Várhatunk arra, hogy az ilyen típusú vizsgálatok elfogadják a mezoterápiát a kozmetikai orvostudomány szokásos terápiás módjaként.
A mezoterápiát körülbelül 16 000 amerikai orvos alkalmazza napi orvosi gyakorlatában, a mezoterápiára kiképzett orvosok számának növekedése havi 300-mal áll, a mezoterápiára szakosodott folyóirat (American Journal of Mesotherapy) kiadványa szerint a neves kórházakban létrehozott klinikák a világ központjaiban alkalmaznak mezoterápiát, és számos nemzetközi kongresszusok. Az Amerikai Esztétikai Orvostudományi Akadémia az egyik vezető szervezet, amely a mezoterápiában tanúsítandó minőségi orvosképzésért és szakmai értékelésért szól. Ezért nem lehet lebecsülni azt az állítást, hogy a mezoterápia szakterületként egyre népszerűbb mind a terapeuták, mind a nyilvánosság körében.
A bizonyítékok a biztonság és az egyik véglet hatékonyságától a másik népszerűségéig terjednek, miközben a bizonytalanság és a vita területein pillantanak át.