Mindenesetre az egyetlen módja annak, hogy teljes bizonyossággal funkcionális ciszta legyen, az ultrahang megerősítése, hogy néhány hónappal később eltűnt-e. Néha ebben az időszakban hormonális fogamzásgátlókkal történő kezelést írnak elő. A kezelés célja nem az, hogy eltüntesse a cisztát, hanem mindenféle kezelés nélkül. A cél az ovuláció gátlása, és mivel a funkcionális ciszták olyan gyakoriak, hogy megakadályozzuk a petefészket abban, hogy abban a három hónapban új funkcionális cisztát hozzon létre, amely megzavar minket a következő ultrahang során, mivel ha a ciszta eltűnik, de a kontroll ultrahang előtt újat hozunk létre, nem fogjuk tudni, hogy két különböző funkcionális cisztáról van-e szó, vagy az előző nem tűnt el, ezért nem funkcionális.
A nőgyógyászat, a termékenység és a reproduktív orvoslás szakemberei vagyunk.