Tematikus tárház a mikrobiomon

oldalakat

  • Kérdések
  • Jegyek
  • Projektek
  • Kutatás
  • Eszközök
  • Videók
  • Szerzői
  • Bibliográfia

2018. február 8., csütörtök

4. Változik-e a mikrobiota a szezonális étrenddel?

humán

1. ábra A Hadza bélmikrobiális közösség összetétele ciklikus, évszakonként megkülönböztethető.

(A) Hadza bél mikrobiota egyes összetételei 2013-ban későn-szárazon (n = 41, világoszöld), 2014-ben korán-nedvesen (n = 19, lila), 2014-ben későn-nedvesen (n = 58, halványlila), A 2014-es alszakaszok - korai-száraz (n = 30, világoskék) és 2014-es késői-száraz (n = 40, sötétzöld) súlyozatlan UnoFrac PCoA-parcellán (bal oldali panel). A száraz évszakban gyűjtött minták eltérnek a nedves évszak mintáitól (P <3 × 10-15 és P <3-16, Wilcoxon), míg a száraz évszak mintái nem egyértelműek (P = 0,15, Wilcoxon) (jobb oldali panel)

(E) A lineáris diszkrimináns elemzés, egy felügyelt tanulási megközelítés, amely a jellemzők lineáris kombinációját használja az osztályok elkülönítésének maximalizálása érdekében, sikeresen elválasztja az alszakaszokat, a száraz évszakok kivételével. A nyilak hossza és iránya az egyes jellemzők normalizált skáláját jelzi (OTU).

Ezért a Hadza-adatok mind az étrend fő összetevőinek funkciógazdagodását mutatják az évszakok során, mind pedig a funkció megőrzését két száraz, száraz évszakban. Irányítatlan metabolomikát, szekvenciafüggetlen megközelítést alkalmazunk a közösségi funkcionalitás nagydimenziós "ujjlenyomatának" előállításához (26). Ezek az adatok szintén felügyelet nélküli tanulási módszerekkel tökéletesen megkülönböztették az évszakokat (S4D ábra), de nem tettek különbséget a két száraz évszak között.


Kíváncsiak voltunk arra, hogy miként gyűjtöttük a Hadza széklet 350 mintájának mikrobiota profilját más hagyományos és ipari populációkhoz képest. Rendszertani hozzárendeléseket használva elemeztük 16 ország 18 populációjának összetett adatait 26 kohorszból származtatva (S5. Táblázat). A 18 populációt a modernizációnak megfelelő első fő koordináta mentén választották szét (3. ábra, valamint az S1 és S6, A és B ábra).
---